В 1904 г. о. Иоанн получил разрешение быть похороненным в Иоанновской обители. По его просьбе в нижней части здания монастыря (в склепе) был устроен храм во имя пророка Илии и царицы Феодоры, небесных покровителей родителей дорогого Батюшки. О. Иоанн отошел ко Господу 20 декабря / 2 января 1908 г. и был погребен в этом храме. Отпевал Батюшку митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский) в сослужении трех епископов, 60 священников и 20 диаконов. В самих же похоронах принимало участие около 60 тысяч человек.
Подземная церковь-усыпальница, освященная 21 декабря 1908 г. митрополитом Антонием, отличалась богатством отделки в русско-византийском стиле, средства на которую пожертвовала Анна Яковлевна Лежоева (1869-1939), впоследствии монахиня Иоанна, казначея монастыря. Иконостас был выполнен из мрамора, стены и потолок были облицованы плитами белого мрамора. Мощи о. Иоанна покоились в мраморной гробнице с правой стороны иконостаса. На гробнице лежали икона Спаса Нерукотворного и Святое Евангелие, горела неугасимая лампада в виде митры.
