Чудесным знамением Божественного Покрова над обителью явилось обновление иконы Пресвятой Богородицы. Перед освящением главного монастырского храма в честь Двенадцати Апостолов (июль 1991 год) сестры-монахини обратились к приходам с просьбой пожертвовать иконы. Когда настоятельница и казначея приехали в Никольскую церковь на Большеохтинском кладбище, их провели в помещение, где хранились старые, требующие реставрации образа, и предложили выбрать любые. Матушка Серафима обратила внимание на стоявшую между стеллажами большую икону с полукруглым завершением и подняла ее. На холсте, натянутом на деревянный подрамник, с трудом удалось различить фигуру Божией Матери, держащей Свой Покров. Икону привезли в монастырь и поместили в алтаре храма Собора Двенадцати Апостолов – по своей форме она подходила к одной из алтарных ниш. Вскоре после Пасхи алтарница заметила, что Лик Пречистой Девы на иконе Покрова просветлел. Затем образ стал постепенно обновляться сверху вниз, от Лика к стопочкам Богоматери. Священнослужители видели, как каждый день небольшой участок иконы просветлялся, краски становились яркими и насыщенными, а мелкие трещинки сами собой зарастали. К Пятидесятнице почти все изображение обновилось. Икона из грязно-серой стала небесно-голубой. Сама Матерь Божия засияла неземной красотой.
Об этом чуде настоятельница монастыря игумения Серафима сообщила Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II, который благословил перенести икону в храм для всенародного поклонения и еженедельно петь пред ней акафист Покрову Божией Матери, что и совершается ныне каждую пятницу после вечернего богослужения.
Дивный образ очень почитается сестрами обители и прихожанами. Пресвятая Богородица изображена стоящей на облаке и простирающей над землей Свой Покров. Вокруг нимба надпись: «Радуйся, Радосте наша, покрый нас от всякого зла честным Твоим омофором», а внизу иконы – строка из акафиста: «Радуйся, безматерних сирот незримая Воспитательнице». Очи Заступницы наполнены слезами. Архиепископ Серафим (Соболев) в Слове на праздник Покрова говорит: «Как же Божией Матери не скорбеть и не плакать о нас? Ведь Она нас больше любит, чем наша родная мать; ведь Она всегда с нами во время наших болезней, всяких бедствий и скорбей, когда мы обращаемся к Ней, умоляя о помощи».
Позже открылось еще одно знаменательное обстоятельство. На обратной стороне холста обнаружили надпись: «Писал сию икону священник Иоанн Смирнов. 1908 г. Лесна». Как известно, Леснинский монастырь, расположенный на территории Польши, находился под духовным окормлением святого праведного Иоанна Кронштадтского, который так трогательно отзывался об этой обители: «Она – моя питомица была и есть». Инокиня Леснинского монастыря Параскева рассказывала: «При сооружении Иоанновского монастыря делали пристройки жилого корпуса. Приехавший как-то отец Иоанн посетил пристройку и сказал: «Прибавьте, прибавьте для Леснинских монашенок». Никто тогда ничего не понял, но воля отца Иоанна была выполнена, и пристройка была увеличена.
И что же, через несколько лет после кончины отца Иоанна, во время Германской войны, после эвакуации западного края, где находился Леснинский монастырь, часть сестер его в числе 40 человек нашли себе приют в пристройке Иоанновского монастыря. Только тогда вспомнили пророческие слова отца Иоанна и поняли, к чему он это сказал».
Долгое время оставалось тайной, когда именно образ Покрова из Лесны был привезен в Петербург и где находился на протяжении многих десятилетий. Но по дивному Промыслу Божию икона, связанная с памятью батюшки Иоанна, пришла в монастырь его имени, где и совершилось ее чудесное обновление.
А вскоре обнаружилось еще одно обстоятельство. Оказалось, что в Никольском храме, где хранилась икона Покрова, долгое время служила алтарницей монахиня Агапита, постриженица Иоанновской обители. Видимо, ее стараниями была сохранена икона Покрова Божией Матери. Так, по милости Божией, несмотря на многие годы разорения и забвения не прерывается духовная связь между прошлым и современным поколением Иоанновских сестер.