Иоанновский женский монастырь на Карповке обязан своим возникновением великому молитвеннику и светильнику церкви Христовой — праведному Иоанну Кронштадтскому.
Строительство монастыря началось весной 1900 года по проекту архитектора Никонова, который был рассмотрен и утвержден императором Николаем II, на небольшом участке земли, пожертвованном отцу Иоанну купцом Симеоном Раменским. Батюшка с большим вниманием следил за ходом работ. Святыми молитвами, благословением, заботами и трудами старался как можно лучше обустроить обитель.
Первоначально отец Иоанн Ильич Сергиев предполагал устроить здесь новое подворье Сурского Иоанно-Богословского женского монастыря, основанного им на родине, в Архангельской губернии, но с помощью Божией монастырь оказался слишком значительной постройкой в городе, чтобы ему оставаться просто подворьем. По ходатайству о. Иоанна, в 1903 году подворье стало самостоятельным монастырем. Он был назван Иоанновским в честь небесного покровителя Батюшки – преподобного Иоанна Рыльского, во имя которого 17 декабря 1901 года был освящен первый храм обители в нижнем этаже здания.
Небывалая любовь народа и благодарность за помощь, глубокая вера и неустанная забота о духовном облике обители привлекли мощную поддержку и пожертвования, и всего год спустя был освящен главный престол собора во имя Собора двенадцати дпостолов с двумя приделами. Правый – в честь Казанской иконы Божией Матери, а левый – во имя святителя Андрея Критского и преподобной Марии Египетской, освященные в 1903 году при участии отца Иоанна.
Храм венчали пять мозаичных куполов с золочеными крестами, а на его западной стороне возвышалась колокольня. Пламенной молитвой благословил Батюшка монастырь: «Благодарю Господа за радость освящения своего великолепного храма, который Он дал мне устроить и украсить в столице России – Петербурге. Как бы чудом каким явился он на берегу реки Карповки – притоке царственной и великолепной Невы-реки.
Да прославляется здесь Имя Господне до скончания века, — и да процветает в обители вера благочестивая и жизнь благочестивая сестер монахинь, да соберет новый храм в стенах своих множество благочестивого народа для молитвы и прославления Господа и для утверждения в благочестивой вере».
В январе 1903 года определением Святейшего Синода Иоанновский монастырь получил статус первоклассного. Еще при жизни Батюшки его молитвами и трудами монастырь стал вполне благоустроенным и находился на полном самообеспечении. В обители проживало более 350 насельниц. В монастыре были золотошвейная и белошвейная мастерские, лазарет на 10 коек, просфорная с двумя печами (в одной большой печи выпекалась за раз тысяча просфор). Перед монастырем с восточной стороны, был разбит сад, а с западной находился образцовый огород, с которого сестры ежегодно снимали большой урожай, несмотря на то, что им был занят лишь небольшой клочок земли.
В 1903 году был устроен Вауловский Успенский скит в Борисово-Глебском уезде Ярославской губернии.
Сам Батюшка любил называть себя «Божиею милостию строитель Иоанновского монастыря». Много трудов и забот он принял, стараясь устроить возможно лучше как самую обитель, так и возвысить духовную жизнь ее насельниц. Немало видел Батюшка утешения и радостей от преданных ему всей душой сестер обители, а также в службе Божией, во время совершения Божественной Литургии. Он часто говаривал, что чувствует себя здесь как у себя дома. Приезжал в монастырь иногда усталый, измученный и говорил, что он приехал отдохнуть.
Эту поистине свою обитель Праведник выбрал местом своего успокоения, и после его блаженной кончины паломничество в монастырь стало еще более многолюдным. В усыпальнице с раннего утра до позднего вечера непрерывно служились панихиды. Один из современников писал:
«Тысячи богомольцев идут ко гробику Батюшки, как бы к живому своему утешителю, целителю и наставнику. Идут не только, чтобы вознести молитвы о упокоении его чистой души в месте светлее, месте покойнее, но и себе чают получить здесь утешение Христово и избавиться от всякой скорби, гнева и нужды».
В 1923 году обитель была закрыта, монахини выселены, а сами здания заняты различными светскими организациями.
Спустя десятилетия забвения и запустения монастырь начал возрождаться в 1989 году. Молитвенным предстательством святого праведного о. Иоанна Кронштадтского, трудами и авторитетом Его Святейшества, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в бытность его митрополитом Санкт-Петербургским и Новгородским обитель была открыта вновь. Монастырское здание было передан в качестве подворье Пюхтицкому монастырю. Батюшка о. Иоанн Кронштадтский при жизни духовно окормлял эту Обитель, поэтому участие пюхтицких сестер в возрождении Иоанновского монастыря было знаменательным.
В те годы монастырь представлял собой печальное зрелище. В здании размещалось более 20 разных организаций. Вся структура помещений была нарушена. Необходимо было произвести огромные ремонтно-восстановительные работы, ликвидировать перегородки, стены, двери, чуждые изначальной планировке и искажавшие внутренний вид обители.
1 ноября 1989 года, в престольный праздник обители – день памяти преподобного Иоанна Рыльского и день рождения дорогого Батюшки отца Иоанна Кронштадтского – митрополит Алексий, будущий Предстоятель Русской Православной Церкви, совершил чин освящения храма преп. Иоанна Рыльского и возглавил в нем Божественную Литургию. С этого времени в Иоанновской обители возобновились Богослужения.
Возрождение монастыря началось во время церковного прославления святого праведного Иоанна Кронштадтского. 14 июня, через несколько дней после своей интронизации, Святейший Патриарх Алексий возглавил в Иоанновском монастыре торжества, посвященные канонизации отца Иоанна Кронштадтского. Все собравшиеся христиане впервые соборно, открыто исповедали праведника праведником: «Святый праведный отче наш Иоанне, моли Бога о нас!»
Вскоре в храме-усыпальнице были установлены воссозданный по старинным фотографиям иконостас и надгробие над могилой Кронштадтского пастыря. 12 июля 1991 года Святейший Патриарх Алексий совершил освящение главного храма в честь Собора Двенадцати Апостолов, а 6 ноября этого же года был освящен правый придел во имя св. прав. Иоанна Кронштадтского.
25 декабря 1991 года Иоанновский женский монастырь по определению Священного Синода стал самостоятельным и приобрел статус ставропигиального.
Постепенно был восстановлен весь архитектурный ансамбль монастыря, была благоустроена территория. В 1999-2000 гг. был воссоздан храм-часовня Покрова Божией Матери в ограде обители.
Явственно чувствовалась помощь Божия в благом и богоугодном деле возрождения святыни. Не только отдельные граждане, но и организации стремились помочь в возрождении обители. Жители Петербурга непосредственно участвовали в ремонтно-восстановительных работах: все хотели сделать что-нибудь для дорогого Батюшки.
Сегодня жизнь в обители идет своим чередом. Сестры несут различные послушания: церковное, клиросное, кухонное, огородное, швейное и др. Действует воскресная школа для детей и взрослых. Монастырь имеет подворье с храмом святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии, расположенное на территории бывшей усадьбы графа Шувалова в пос. Вартемяги Ленинградской области.
Духовным центром всего монастыря можно назвать усыпальницу дорогого Батюшки, Тысячи паломников стекаются сюда со всего мира, чтобы помолиться угоднику Божию и попросить его помощи, избавления от душевных и телесных скорбей, недугов и болезней. Молитвами дорогого Батюшки уже в наше время совершаются многие дивные чудеса. Люди возвращаются в обитель, чтобы рассказать сестрам о полученном исцелении и отслужить благодарственный молебен у его гробницы. Эти случаи благодатных исцелений записываются и бережно хранятся сестрами. Часть из них опубликованы в книге «Светильник веры и благочестия». Сестры постоянно чувствуют незримое покровительство св. прав. Иоанна Кронштадтского и во всех трудных обстоятельствах обращаются к нему с молитвой. Как при жизни Батюшка все время заботился о своей обители, так и теперь не оставляет ее своей помощью и заступлением.