Восстановление монастыря началось в 1989 г. 1 ноября митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (в будущем Святейший Патриарх Московский и всея Руси) совершил освящение храма во имя преп. Иоанна Рыльского. Этот небольшой храм находится на первом этаже здания монастыря, и именно с него началось возрождение обители.
Постепенно монастырю был возвращен весь комплекс зданий. Все храмы возрождались по сохранившимся фотографиям.
12 июля 1991 г. по окончании восстановительных работ Святейший Патриарх Алексий II освятил главный престол собора во имя Двенадцати апостолов, а 6 ноября – правый придел во имя св. прав. Иоанна Кронштадтского.
В 1999-2002 гг. на территории монастыря воссоздан храм-часовня в честь Покрова Божией Матери по проекту архитектора А. П. Викторова.
Храмы обители:
- Храм в честь Двенадцати Апостолов (престольный праздник 13 июля)
- Храм во имя преподобного Иоанна Рыльского (престольный праздник 1 ноября)
- Храм-усыпальница святого праведного Иоанна Кронштадтского (освящен во имя пророка Илии и царицы Феодоры)
- Храм-часовня Покрова Божией Матери