Первый ставропигиальный монастырь на Руси появился еще до обретения автокефалии — в 1383 году им стал московский Симонов монастырь, подчиненный непосредственно Константинопольскому Патриарху, который останавливался в нем во время посещений Москвы. Институт ставропигии внутри Русской Православной Церкви впервые ввел Патриарх Никон, основавший и принявший управление над Ново-Иерусалимским, Валдайским Иверским и Кийским Крестным монастырями.
Традиция эта продолжалась как при последующих патриархах, так и в синодальную эпоху. В результате к концу XIX века, помимо четырех лавр, ставропигиальными были следующие семь монастырей: Симонов, Донской, Новоспасский и Заиконоспасский (все в Москве), Ново-Иерусалимский (подмосковный), Спасо-Яковлевский (Ростов Великий) и Соловецкий. Эти монастыри находились в непосредственном заведовании московской Синодальной конторы (московские ставропигиальные монастыри) или Святейшего Синода и были изъяты из подсудности епархиальных архиереев.
Сейчас в Русской Православной Церкви 27 ставропигиальных монастырей — 14 мужских и 13 женских. Десять из них находятся в Москве (Даниловский, Покровский, Богородице-Рождественский, Донской, Зачатьевский, Новоспасский,Сретенский, Иоанно-Предтеченский (бывш. Ивановский), Высоко-Петровский и Заиконоспасский монастыри), восемь — в Подмосковье (Покровский Хотьков, Борисоглебский Аносин, Саввино-Сторожевский, Воскресенский Ново-Иерусалимский, Иосифо-Волоцкий, Николо-Угрешский, Крестовоздвиженский, а также Троице-Сергиева Лавра); четыре обители находятся на севере России (Спасо-Преображенские Соловецкий и Валаамский, Никольский Вяжищский в Новгороде и Иоанновский в Санкт-Петербурге), две в Калужской епархии (пустыни Свято-Введенская Оптина и Казанская Амвросиевская), одна во Владимирской (Свято-Троицкий Стефано-Махрищский монастырь) и две в Ближнем Зарубежье (Корецкий Свято-Троицкий монастырь на Украине и Успенский Пюхтицкий монастырь в Эстонии).
Иоанновский монастырь получил статус ставропигиального в 1992 году.
